Гинтама: Сказание о Бэнидзакуре

События разворачиваются за двадцать лет до начала оригинальной игры. Главный герой слышит в своей голове незнакомый голос, призывающий его на помощь. После этого он оказывается окружен ярким светом и переносится в другой мир. Этот мир разделен между двумя государствами, которые ведут продолжительную войну. Причиной конфликта являются уникальные источники энергии, необходимые для существования обеих стран.

Лидеры враждующих сторон заключают временное перемирие, чтобы остановить разрушения, однако соглашение остается неустойчивым. Оказавшись в центре этих событий, главный герой понимает, что его судьба связана с политическими интригами и военными действиями. Его присутствие в этом мире оказывает значительное влияние на будущее обоих государств, а его решения могут определить исход многолетнего конфликта. В ходе развития сюжета герой находит союзников, стремящихся изменить ход истории, и сталкивается с персонажами, которые пытаются использовать его в своих интересах.