Масс Эффект: Потерянный идеал

После победы над Мьюри Ундзэн студенческий совет во главе с Медаки Куроками восстановил порядок в Академии Хаконива. Однако период спокойствия оказался кратковременным. Медаки Куроками, Дзэнкити Хитоёси, Коки Акунэ и Могане Кикаидзима сталкиваются с новой угрозой, исходящей от директора учебного заведения. Директор школы, скрывая свои истинные цели, инициирует так называемый План Флакона. Этот проект связан с методами управления, которые предполагают жёсткий контроль и манипуляции, затрагивающие всю академию.

Основное противостояние разворачивается с группой новых учащихся, известной как Партия тринадцати. Коллектив, состоящий из студентов со сверхспособностями, действует под руководством Удо Мияконодзе, обладающего значительной силой и стратегическим мышлением. Их целью является захват власти в академии и подрыв установившегося порядка. Ситуация усложняется с возвращением прежнего противника, который был побеждён ранее, но теперь намерен довести свои планы до конца, создавая дополнительную угрозу для студенческого совета.